יש מספר הגבלות והתניות בסוגי טיפול ברפואה משלימה, כמו גם ברפלקסולוגיה, עיסוי, שיאצו וכו'. המטופל עלול לפתח התוויות נגד שיגרמו כמובן להחמרה במצבו ועל כן המטפל חייב להיות מקצועי ומיומן. אם המטפל אכן מוסמך לטפל בתחום מסוים, הוא אמור לדעת אם ישנן התוויות נגד בטיפול כזה או אחר למחלה/בעיה כזו או אחרת במצבים כאלה ואחרים. לדוגמה קונטרה אינדיקציה של עיסוי היא פצעים וחתכים שברים וסדקים גידולים ממאירים ומחלות.
עלולות להיות התוויות נגד בטיפולי מגע במצבים שונים של מטופל ותיתכנה התוויות נגד בין תרופה לצמחי מרפא או בין מצב מטופל לשימוש בצמחי מרפא - כל עניין לגופו.
מטפל שעבר הכשרה מתאימה יודע מה מותר לעשות במצבים כאלה ואחרים ומה אסור.